东瀛霸主绝无神(任达华饰演)为夺中土皇权，擒下一众武林人士逼其臣服，就连步惊云(郭富城饰演)、聂风(郑伊健饰演)及武林神话无名(何家劲饰演)连手，与绝无神对峙亦受重创。

楚楚(唐嫣饰演)为救步惊云挡下重击而昏迷不醒，令步惊云心愧不已。为保江湖，聂风不惜以身犯险修炼魔功。期间，他遇上了生命中的另一至爱第二梦(蔡卓研饰演)。

绝无神军队在迅雷不及掩耳之际，兵临城下再下一城，众人始料不及，而聂风为救第二梦却中途破关……

原来，绝无神入侵的真正目的，全系于一个位于凌云窟的远古墓冢，一个掌控神州皇权命脉的禁地，步惊云及半疯之聂风沿途截撃绝无神，三人于墓冢中遇上作最后对决，神州命运会否改变？

此次《风云II》两位主角郭富城及郑伊健饰演的角色将会性情对调，亦正亦邪的步惊云将打破心魔让自己走上正途，而聂风为了练功迎战绝无神却步入魔道，令角色层次变得更为丰富。是次电影以精湛电脑特技开创中国武侠电影新风格。